一、新申請者：水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法(以下簡稱許可審查管理辦法)第9條規定，申請審查水措計畫之時機如下。
• (一)設置廢(污)水(前)處理設施前。
• (二)納管事業於取得核准同意納入污水下水道系統文件（以下簡稱同意納管文件）後，未取得聯接使用證明前。
• (三)設置土壤前處理設施前。
• (四)簽訂廢（污）水委託處理契約前。
• (五)設置海洋放流管線前。
• (六)設置貯留設施前。
• (七)設置稀釋設施前。
• (八)設置回收使用設施前。
• (九)設置逕流廢水污染削減設施前。
二、登記：許可審查管理辦法第22條規定，無排放廢（污）水於地面水體者，應於取得規定之相關證明文件後，辦理水措計畫核准文件基本資料之登記後，始得營運產生廢（污）水；其水措設施之建造、裝置與原核准之水措計畫登記事項不同者，於辦理前項之登記時，應另檢具變更後之相關文件。
三、變更：許可審查管理辦法第23條規定，變更下列水措計畫核准文件或許可證(文件)登記事項，應於事實發生後30日內，向核發機關辦理變更。
• (一)基本資料。
• (二)廢（污）水水量、污泥量之計測設施、計量方式及其校正維護方法。
• (三)增加或變更作業系統用水來源、產生廢（污）水之主要製程設施，或其每日最大生產或服務規模，且未增加用水量、廢（污）水產生量，及未變更廢（污）水（前）處理設施及污泥處理設施功能者。
• (四)受託處理同業別之廢（污）水者，於核准餘裕量內之委託者。許可審查管理辦法第24條規定，變更前條以外之水措計畫核准文件或許可證(文件)登記事項，應於變更前，送核發機關審查，經核准後，始得變更。
四、展延：許可審查管理辦法第28條規定，許可證(文件)水措計畫核准文件，有效期間為五年。期滿仍繼續使用者，應自期滿六個月前起算五個月之期間內，向核發機關申請核准展延，每次展延，不得超過五年。